לאחרונה התפרסם פסק דין העוסק בסוגיית התרתו בניכוי של מס תשומות בידי חברת החזקות. פסק הדין ניתן ביום 28.06.18 בבית המשפט המחוזי בתל אביב – יפו על ידי כבוד השופט הרי קירש, בעניין עמ (ת"א) 1015/09 ועמ (ת"א) 29102-01-13 אלביט הדמיה רפואית בע״מ  נ' ממונה אזורי מע״מ ומ״ק תל אביב ("עניין אלביט").

הרקע המשפטי לפסק הדין מצוי בהוראות חוק מע"מ, לפיהן על מנת שמס תשומות יותר בניכוי יש לבחון את השימוש שנעשה בתשומות ואת זיקתן לעסקה חייבת במס. תקנה 18 לתקנות מע"מ מסדירה את אופן הניכוי של מס על תשומות ששימשו בחלקן לעסקאות חייבות במס וחלקן למטרות שאינן בבחינת עסקה חייבת במס ("תשומות מעורבות"), כאשר הכלל הבסיסי הוא התרה יחסית של ניכוי מס התשומות בהתאם לשימושים השונים. כאשר לא ניתן לקבוע מהו יחס השימוש בתשומות מעורבות, ולא נקבע יחס כזה על ידי המנהל, קובע סעיף 18(ב) כי אם עיקר השימוש בתשומה הוא לצרכי העסק, ניתן לנכות שני שלישים ממס התשומות, וכאשר עיקר השימוש בתשומה הוא שלא לצרכי העסק, ניתן לנכות רבע ממס התשומות בלבד. ואולם, התקנה אינה מבהירה כיצד יש לקבוע את "עיקר השימוש" בתשומה.

אופן יישום הוראות אלה על חברות החזקות הפועלות בעיקר במישור ההשקעתי, והתשומות בהן הן נושאות הן תשומות מעורבות באופיין, נתון לא אחת למחלוקות בין ציבור העוסקים לרשות המיסים. בהקשר זה פרסמה רשות המיסים את עמדה חייבת בדיווח מס' 1/2016 ("עמדה 1/2016"), הקובעת כי בשל תשומות כלליות חברת החזקות תהיה זכאית לנכות מס  תשומות  בשיעור של 25% בלבד, ובשל תשומות ישירות המשמשות לביצוע עסקאות חייבות במס, בשיעור של שני שלישים (66.67%) ממס התשומות.

בפסק דינו בעניין אלביט, הביע השופט קירש את דעתו כי ככלל, במקרים בהם חברת החזקות מבצעת עסקאות חייבות במס הכרוכות בהוצאת תשומות הניתנות לזיהוי וכימות באופן נפרד משאר הוצאות הפירמה, היותה של החברה חברת החזקות לא תמנע ניכוי מלא של מס התשומות. זאת, בניגוד לעמדת רשות המיסים כפי שבאה לידי ביטוי בעמדה 1/2016, לפיה חברת החזקות אינה יכולה בכל מקרה לנכות את מלוא מס התשומות אלא רק שני שלישים ממנו. השופט קירש אף מציין כי לדעתו, הבסיס לעמדה זו "איננו נהיר".

המשמעות היא כי במקרים המתאימים, ובקיומן של הוכחות קונקרטיות לגבי צריכת התשומות בעסקאות חייבות במס, חברות החזקות יוכלו לדרוש בניכוי את מלוא מס התשומות בו נשאו. לשם כך, על חברת ההחזקות התובעת את הניכוי להראות שימוש מסוים בתשומות השונות ולשייך אותן לעסקאות חייבות במס.

עוד הוסיף השופט כי לשם קביעת "עיקר השימוש" בתשומה מעורבת, בראש ובראשונה נדרשת הוכחה לגבי השימוש שנעשה בנכס או בשירות המסוים, ורק בהיעדר אינדיקציה ברורה לכך, יש לאפיין באופן כללי את עשיית הפירמה כאשר יחס ההכנסות (גובה ההכנסות הנובעות מהפעילות החייבת במס לעומת אלו הנובעות מהפעילות שאיננה חייבת במס) מהווה אינדיקציה אחת אך לא בלעדית לכך.

יצוין, כי מדובר בפסק דין של ביהמ"ש המחוזי בלבד, ובהתאם אינו מחייב בתי משפט אחרים, וטרם הוכרע אם יוגש עליו ערעור לביהמ"ש העליון.